성격상은 직원연수에 해당되어 보이는데요 그렇다면 기관운영비에서 자부담으로 집행하는 것이 가장 좋겠으나
내용이 교육적인 내용이고 해당 되는 부분만 지출되었다면 크게 문제는 없어보입니다
다만 지출항목이 직원교육사업비 등으로 되어 있으면 그래도 괜찮아 보입니다
또한 비지정후원금 지출 비용의 15% 내에서는 사용할 수 있으니 잘 따져보시면 될 듯합니다

직원힐링교육은 직원연수의 개념으로 보여지며, 직원연수는 기관운영비 사용이 원칙입니다.
기관운영비는 비지정후원금 사용을 위한 예산과목 구분상으로 볼때 간접비에 해당하므로,
비지정후원금으로 직원힐링교육에 대한 예산 집행이 가능하나, 비지정후원금의 간접비 사용비율 제한 15%에 대한 내용을 상기하셔서 사용하셔야 할 것으로 판단됩니다.

지자체와 상의 해 보셔야 될 듯 합니다.
직원 힐링교육이 직원 교육적인 차원에서
사회복지사업을 볼 수 있지만 또라르에 직원 복리후생 파트로도 볼 수 있습니다.
이는 소관 지자체가 어떻게 이를 바라보고 해석하는가에 따라 큰 차이가 날 수 있습니다.

예를 들어
직원연수를 진행하는데 어떤 지자체는 직원연수(교육)에는 보조금을 사용할 수 없다라고 규정하고 있는지만
어떤 지자체는 이에 대한 규정을 두고 있지 않습니다.

자원봉사자 명절에 선물을 지원함에 있어서도
자원봉사 피드백 사업을 만들어 사업비로 집행(후원, 보조금)하는것을 용인해 주는 지자체가 있는 반면
자원봉사자 명절 선물은 사업비로 볼 수 없고 기관운영비로 봐야 한다며 자부담에서만 사용해야 한다는 지자체가 있습니다.

질문자님의 질문의 경우에도 지자제 담당자의 시각에 따라 달라질 수 있는 부분이니 상의 하시던지.
모른척 게시다가 지도점검에 다음부터 조심하겠다고 하고 주의 정도 받고 넘어 가는 방법이 있을 듯 합니다.